Suivant le degré de précision des missions, AGIR écologique peut faire appel à des partenaires spécialisés afin d’intégrer les spécificités écologiques de certains groupes biologiques ou de certaines espèces. AGIR écologique travaille également avec des Paysagistes, acteurs de la gestion de la biodiversité dans les aménagements, avec des entreprises de travaux selon les missions et avec des semenciers et pépiniéristes.